Zakład obejmuje sześć zespołów badawczych o wysokim stopniu unikalności w skali polskiej nauki, skupiających pracowników naukowych o różnorodnych specjalizacjach związanych z misjami wykopaliskowymi przede wszystkim w Egipcie, ale również na Bliskim Wschodzie.

Najliczniejsza grupa badawczą pracuje w powołanym w 2016 roku Ośrodku Badań nad Świątynią Egipską, którego celem badawczym jest realizacja tematu Centra kultowe starożytnego Egiptu rejonu tebańskiego i I-szej katarakty – programy dekoracji budowli sakralnych, repertuar sprawowanych w nich rytuałów, teologia bóstw i ideologia królewska. Temat ten obejmuje m.in. kontynuowane prace nad dwoma bazami danych. Są to: baza danych hatshepsut.iksiopan.pl mająca za zadanie skatalogowanie i udostępnienie w sieci wszystkich publikowanych informacji związanych z panowaniem tej władczyni, obejmujących również materiał źródłowy spoza regionu tebańskiego oraz baza danych egipskich rytuałów świątynnych rite.iksiopan.pl, która pozwoli na szerokie studia porównawcze ikonografii rytuałów, ich sekwencji, czy rekwizytów używanych w trakcie ich sprawowania.

Z posiadającą długą tradycję problematyką badawczą Instytutu wiąże się Pracownia Badań nad Egipską Nekropolą powstała w 2021 roku celem kontynuacji prowadzonych w Instytucie badań nad obrządkiem pogrzebowym w starożytnym Egipcie. W ramach Pracowni zostały skonsolidowane zadania podjęte przez pracowników na zróżnicowanym typologicznie, chronologicznie i terytorialnie materiale źródłowym, pochodzącym z cmentarzysk Górnego i Dolnego Egiptu. W programie badań Pracowni znajdują się studia dotyczące diachronicznego rozwoju nekropoli sakkaryjskiej: jej historii, topografii, architektury grobowej, pochówków oraz kultów boskich i rytuałów pogrzebowych wraz wyposażeniem grobów, a także studia nad zabytkami związanymi z cmentarzyskami Gebelein. Nowatorski charakter w profilu Pracowni ma projekt poświęcony badaniom metrycznym rzeźby i płaskorzeźby egipskiej pochodzących z nekropoli prywatnych i królewskich, który dostarcza narzędzi do identyfikacji proweniencji i datowania tego typu obiektów.
W zakresie działalności Pracowni znajdują się też studia nad źródłami pisanymi związanymi z egipską nekropolą, jak i pionierskie w skali kraju, a dopiero zapoczątkowane w świecie, badania nad zagadnieniem „Językowy obraz świata (JOS) w Egipcie faraonów. Zastosowanie metod etnolingwistyki do badań religijnych tekstów egipskich”, dla których materiałem źródłowym są przede wszystkim Teksty Piramid.

Od 2020 roku funkcjonuje w strukturach Zakładu Pracownia Archeologii Wschodu Starożytnego. Program naukowy Pracowni łączy tradycyjne obszary badań Bliskiego Wschodu ze studiami nad materiałem zabytkowym odnajdywanym podczas archeologicznej eksploracji Półwyspu Arabskiego. Obecnie w Pracowni realizowany jest we współpracy z Uniwersytetem w Genewie terenowy projekt badawczy NCN Opus LAP (2022-2025) poświęcony studiom nad wczesnobrązową kulturą megalityczną w północnym Lewancie. Kontynuowane są badania nad mezopotamską plastyką figuralną w aspekcie międzykulturowych interakcji i ponadregionalnych trendów w kulturach na Bliskim Wschodzie i na Półwyspie Arabskim w okresie III i II tysiąclecia p.n.e. Tematy badawcze związane z archeologią Półwyspu Arabskiego obejmują studia nad gliptyką kultury Dilmun, czy badania ozdób osobistych z różnych stanowisk Półwyspu w kontekście kontaktów ponadregionalnych. Badania terenowe na stanowisku Tell Abraq w emiracie Umm al-Quwein poświęcone są historii osadnictwa i kontaktów handlowych tego bardzo ważnego ośrodka miejskiego o kluczowej pozycji w handlu miedzią w okresie III-I tysiąclecia p.n.e.

Uwieńczeniem długoletniej, bo ponad 40-letniej, tradycji badań nad ceramiką egipską prowadzonych w Instytucie jest utworzenie w 2021 roku Pracowni Badań nad Ceramiką korzystającej ze specjalistycznego sprzętu badawczego.
Głównym celem aktywności ukierunkowanej na współpracę międzyśrodowiskową Pracowni są badania nad ceramiką egipską oraz ceramiką importowaną do Egiptu z rejonów innych kultur szeroko pojętego Morza Śródziemnego, Bliskiego i Dalekiego Wschodu. W ramach Pracowni prowadzona jest interdyscyplinarna i wieloaspektowa analiza materiału ceramicznego związanego z różną aktywnością ludzką, tj. ceramiką pochodzącą z nekropoli, świątyń oraz osad.
Naukowym celem Pracowni jest również kształcenie na poziomie specjalistycznym badaczy ceramiki pochodzącej z wykopalisk w Egipcie, Sudanie (Nubii) i na Bliskim Wschodzie.

Unikalny charakter w skali Polski ma powołana w 2020 roku Pracownia Badań nad Recepcją Dziedzictwa Orientu. Główne obszary badań podejmowanych w Pracowni to: dzieje polskich zainteresowań cywilizacjami Orientu - dziedzictwo kulturowe, zwłaszcza starożytnego Egiptu i Lewantu, w polskiej literaturze i sztuce, także we współczesnej kulturze popularnej, mediach itp.; polscy podróżnicy na Wschód (od XII wieku do czasów współczesnych) – relacje, osoby, szczegółowe badania wątkowe, także związane z podróżniczą recepcją Orientu nowożytnego (głównie Egiptu i Lewantu) oraz historycznokulturową problematyką pielgrzymek do Ziemi Świętej; badania nad zbiorami ikonograficznymi IKŚiO obejmującymi kolekcję deltiologiczną, ryciny, fotografie – digitalizacja, analiza krytyczna, edycje; grecka, rzymska i osmańsko-arabska mediacja transferów dziedzictwa kulturowego starożytnego Wschodu; zjawisko i dzieje tak zwanej egiptomanii w Polsce na tle europejskim; historia badań archeologicznych na Bliskim Wschodzie, zwłaszcza polskich; dzieje gromadzenia zabytków starożytnego Wschodu w polskich kolekcjach.

Ważnego obszaru badawczego dotyczy również powołana w 2023 roku Pracownia Pogranicza Starożytnego Egiptu będąca centrum interdyscyplinarnych programów badawczych, zapewniających naukowe wsparcie dla szeroko pojętych badań nad problematyką egipskich ziem pogranicznych. Źródłową bazą badawczą Pracowni i gwarancją stabilnej kontynuacji prac są dwa projekty archeologiczne: projekt Aswan-Kom Ombo (AKAP), obejmujący region pierwszej katarakty, prowadzony od 2005 r., współkierowany przez dr Marię Carmelę Gatto i Prof. Antonio Curci, obecnie objęty współpracą Uniwersytetu Bolońskiego i IKŚiO PAN oraz projekt ENDANGERED NOMADS, sponsorowany przez Gerda Henkel Foundation (Niemcy), współkierowany przez dr Marię Carmelę Gatto, dr Carlę Gallorini (Uniwersytet w Birmingham) i prof. Antonio Curci (Uniwersytet w Bolonii) skupiony na wykopaliskach ratowniczych najwcześniejszych znanych cmentarzysk Pan-Grave (Zachodni Brzeg Asuanu).
Inspiracją dla utworzenia Pracowni były trzy projekty badawcze: BORDERSCAPE – współfinansowany przez NCN i Fundusz Norweski w konkursie POLS (2021-2024), oraz TECHNOPREGYPT w konkursie POLONEZ Bis (2022-2024) i POWERART w konkursie POLONEZ Bis (2023-2024), obydwa współfinansowane przez NCN i grant Marie Skłodowska-Curie COFUND. Objęta nimi tematyka badawcza inicjująca kierunek studiów podejmowanych w Pracowni dotyczyła praktyk kształtowania granic i wzajemnego oddziaływania sił w południowym starożytnym Egipcie w IV tysiącleciu p.n.e., tradycji technologicznych produkcji ceramiki w predynastycznym Egipcie, sztuki naskalnej na południowej granicy starożytnego Egiptu.

Ośrodek Badań nad Świątynią Egipską (egyptiantemple.iksiopan.pl)

Pracownia Badań nad Egipską Nekropolą

Pracownia Archeologii Wschodu Starożytnego

Pracownia Badań nad Ceramiką

Pracownia Badań nad Recepcją Dziedzictwa Orientu

Pracowania Pogranicza Starożytnego Egiptu

dr hab. Ewa Laskowska-Kusztal, prof. IKŚiO PAN

prof. dr hab. Karol Myśliwiec

dr hab. Hieronim Kaczmarek, prof. IKŚiO PAN

dr hab. Janusz Karkowski, prof. IKŚiO PAN

dr hab. Joanna Popielska-Grzybowska

dr hab. Teodozja I. Rzeuska

dr hab. Barbara Tkaczow, prof. IKŚiO PAN

dr hab. Leszek Zinkow, prof. IKŚiO PAN

dr Jade Bajeot

dr Michele Degli Esposti

dr Monika Dolińska

dr Wojciech Ejsmond

dr Maria Carmela Gatto

dr Aleksandra Hallmann

dr Jadwiga Iwaszczuk

dr Ewa Józefowicz

dr Katarzyna Kapiec

dr Magdalena Kazimierczak

dr Heidi Köpp-Junk

dr Maciej Makowski

dr Krzysztof Radtke

dr Aneta Skalec 

dr Filip Taterka

dr Zuzanna Wygnańska

mgr Dominika Majchrzak

mgr Małgorzata Radomska

mgr Joanna Rądkowska

mgr Piotr Sójka

mgr Filip Wałdoch

mgr Paulina Wołodźko