Badania Zakładu Klasycznych Kultur Śródziemnomorskich obejmują zagadnienia archeologii, kultury i sztuki krajów basenu Morza Śródziemnego w okresach greckim, rzymskim i wczesnym bizantyńskim. Współpracując z wieloma instytucjami naukowymi, pracownicy Zakładu uczestniczyli w misjach wykopaliskowych na terenie Cypru, Czarnogóry, Grecji, Egiptu, Izraela, Libii, Syrii, Włoch, a także Kuwejtu oraz Zjednoczonych Emiratów Arabskich i opracowywali ich wyniki. Od kilku lat badania koncentrują się przede wszystkim na zagadnieniach wystroju architektonicznego, dekoracji malarskiej, numizmatyki (Aleksandria, Nea Pafos), stratygrafii, topografii, ceramiki (Nea Pafos). Podjęto szczegółową kwerendę kolejnych kategorii znalezisk z Nea Pafos (rzeźby i inne zabytki kamienne, wyroby z kości). Prace te prowadzone są w powiązaniu z wykopaliskami realizowanymi pod auspicjami Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej Uniwersytetu Warszawskiego na Kom el-Dikka w Aleksandrii (Egipt) i w rezydencjonalnej dzielnicy Nea Pafos, rejon Maloutena (Cypr). W latach 2008-2019 dr Henryk Meyza pełnił funkcję kierownika misji. Rezultaty tej tradycyjnej już współpracy oddają liczne publikacje, w tym monografie wydawane jeszcze przez Zakład Archeologii Śródziemnomorskiej PAN w ramach serii poświęconych wykopaliskom, Alexandrie, Nea Paphos, Tell Atrib 1985-1995, a także Travaux du Centre d’Archéologie Méditerranéenne de l’Académie Polonaise des Sciences (obecnie Travaux de l’Institut des Cultures Méditerranéennes et Orientales de l’Académie Polonaise des Sciences). 
W 2017 r. powstał Ośrodek Badań nad Antycznym Nea Pafos, przygotowujący pod kierunkiem dr Henryka Meyza elektroniczną bazę danych, jako nowoczesną, ogólnie dostępną platformę pokazującą dotychczasowe badania i ułatwiającą dalsze studia.
Pracownicy Zakładu kontynuują indywidualnie współpracę z innymi misjami, polskimi i międzynarodowymi, podejmują też studia niezwiązane bezpośrednio z wykopaliskami archeologicznymi. Nowy kierunek realizuje dr hab. prof. IKŚiO PAN Barbara Tkaczow, która rozszerzając swe badania dotyczące starożytnej Aleksandrii, podjęła się opracowania relacji polskich podróżników, którzy odwiedzili Aleksandrię w XVI-XIX w., oraz interpretacji widoków tego miasta na pocztówkach z końca XIX i początku XX w.

dr hab. prof. IKŚiO PAN Barbara Lichocka

Pracownicy:

prof. dr hab. Elżbieta Jastrzębowska
dr hab. prof. IKŚiO PAN Barbara Tkaczow
dr Edyta Marzec
dr Henryk Meyza
mgr Marta Bajtler
mgr Michalina Dzwoniarek-Konieczna
mgr Diana Mroczek
mgr Marcin Romaniuk
mgr Monika Więch